بخش به نژادي از قسمت ها، آزمايشگاه ها و ايستگاه هاي متعددي تشكيل شده است كه تماما توسط ستاد مؤسسه تحقيقات چغندرقند همراهي و هدايت مي شوند. در مراكز استانهاي چغندر خيز كشور نيز بخش به نژادي فعاليت داشته و در پروسه اصلاح و توليد ارقام مناسب مشاركت مي نمايد. اين بخش داراي دو ايستگاه تحقيقاتي شامل فيروز كوه و بذر اليت كرج مي باشد. آزمايشگاه هاي سيتولوژي، كنترل و گواهي بذر نيز در راستاي اين بخش فعاليت دارند همچنين بخش هاي تحقيقاتي ديگر از قبيل گياهپزشكي و بيوتكنولوژي با اهداف توليد ارقام جديد چغندر قند با اين بخش همكاري داشته و توام برنامه هاي بخش را پيگيري مي نمايند.

بخش به نژادی همواره دو هدف عمده تحقیق و تولید بذر را دنبال کرده است. محور اصلی فعالیت تحقیقاتی این بخش را می توان ارزیابی مواد ژنتیکی و اصلاح به منظور دستیابی به ارقام ارقام پايدار و سازگار با عملکرد و عیار قند بالا معرفی کرد. در این راستا هرساله تعداد زیادی طرح تحقیقاتی تحت نظارت بخش در مراکز مختلف تحقیقاتی کشور انجام می پذیرد. به دلیل گستردگی موضوعات مورد مطالعه و با هدف سامان بخشی هر چه بیشتر امر تحقیق، بخش به نژادی اقدام به طراحی و تعریف شش زیر برنامه تحقیقاتی در قالب برنامه راهبردی به شرح ذیل نمود که هر یک شامل مراحل اصلاحی مورد نیاز برای حل معضل مورد نظر می باشند.

1- مدیریت بيماري های ویروسی چغندر قند
2- مدیریت بیماری های قارچی چغندر قند
3- نماتد مولد سیست چغندر قند
4- خشکی
5- شوری
6- بولتینگ

این بخش به موازات اجرای برنامه های تحقیقاتی ذکر شده سالانه مسئولیت مدیریت، برنامه ریزی و نظارت مستقیم بر تهیه و تولید بذور استوک و الیت را در جهت تولید بذر تجارتی به عهده دارد. به طوری که سالانه حدود 40-35 تن بذر مادری و 3- 5/2 تن بذر استوک مولتی ژرم خام و 6-5 تن بذر مادری و 800-700 کیلوگرم بذر استوک منوژرم خام تولید می نماید.

بررسي مواد ژنتيكي و اصلاح به منظور توليد ارقام با عملكرد و عيار قند بالا محور اصلي تحقيقات بهنژادي به شمار مي آيد.اين بخش و واحدهاي تابعه در ستاد موسسه در امور تحقيقات بهنژادي چغندرقند و توليد بذر اليت فعاليت دارد.واحدهاي تابعه اين بخش عبارتند از:

- آزمايشگاه كنترل بذر
- بانك ژن
- آزمايشگاه سيتو ژنتیک
- ايستگاه توليد بذر اليت فيروزكوه
- مزرعه توليد بذر اليت كرج

 وظایف بخش :

- تحقيقات در زمينه اصلاح و تهيه ارقام هيبريد منوژرم و مولتی ژرم ديپلوئيد و تريپلوئيد جديد و با خواص کمی و کيفی برتر و ثبت ارقام موجود
– تحقيقات کاربردی در زمينه اصلاح و تهيه ارقام مقاوم به تنش های محيطی ( خشکی سرما و شوری ) ؛ آفات و بيماريها
 – تهيه و تدوين استراتژی تحقيقات به نژادی در ستاد و مراکز تحقيقاتی استانها
– تحقيقات کاربردی در زمينه اصلاح و تهيه ارقام  مقاوم به ساقه روی ( بولتينگ )
– ارزيابی و استنتاج نتايج تحقيقات بهنژادی به منظور انتخاب والدها و تلاقی ها جهت
 - تنظيم برنامه های کوتاه مدت و بلند  مدت بخش به نژادی در ستاد و شهرستانها
- گردآوری ژرم پلاسم زراعی و وحشی چغندر از سطح کشور و خارج از کشور
- تکثیر و ارزیابی ژرم پلاسم چغندر جهت دستیابی به منابع مقاومت
 – برنامه ريزی جهت توليد ، تکثير ، کنترل ، گواهی و اختلاط اليت بمنظور توليد بذر تجارتی در اردبيل
– همکاری با بخش خدمات فنی به منظور ثبت اطلاعات و ايجاد بانک های اطلاعاتی در ارتباط با طرح ها ، نتايج و گزارش های ساليانه و نهايی
 –  همکاری با ساير بخش ها در جهت تهيه و توليد مواد ژنتيکی مور نياز تحقيقاتی آنها
– شرکت در سمينار ها ، گردهمايی ها و شورای پژوهشی موسسه و همکاری با دانشگاهها و موسسات تحقيقاتی  علمی داخلی و بين المللی در ارتباط با آزمون ارقام و ساير مسائل به نژادی
- تهيه گزارش ساليانه طرح های تحقيقاتی بخش به نژادی و تدوين مقالات علمی از نتايج بدست آمده
– نظارت دقيق بر انجام عمليات کاشت ، داشت و برداشت بذور اليت و استوک در کرج و کليه مناطق توليد بذر کشور
-تحقيقات و پژوهش در ارتباط با مسائل استاندارد بودن بذور مطابق آخرين يافته های جهانی نظير ISTA , UPOV
–تحقيقات در زمينه پوشش ( پليت ) در بذر های منوژرم ژنتيکی و تکنيکی به منظور استفاده صحيح از بذر منوژرم
–نظارت ، بررسی ، کنترل و گواهی بذور تجارتی توليد شده در اردبيل و همکاری نزديک با کارخانجات قند کشور
 – همکاری و مشارکت در انتخاب ارقام مناسب کشت در نواحی آلوده به بيماريها توسط کارخانجات قند کشور
- همکاری نزديک با شرکت ها و موسسات خارجی به منظور تبادل ژرم پلاسم ، آزمون و بررسی ارقام ارسال شده از  جانب آنها
– مشارکت در کميته علمی و فنی موسسه به منظور بررسی طرح های تحقيقاتی به نژادی
– مشارکت در آموزش کشاورزان ( روز مزرعه ) به منظور انتقال آخرين دستاوردهای بخش به نژادی به کشاورزان
– مشارکت در آموزش دانشجويان دانشگاه های کشور به منظور آشنايی با روند اصلاح چغندرقند و توليد بذر مادری،  استوک و تجارتی
- رائه نتايج و دستاوردهای تحقيقاتی بخش به نژادی در سمينارها ، کارگاههای آموزشی و نمايشگاههای داخلی
 – تحقيق و پژوهش در جهت يافتن سوژه های نوين تحقيقاتی و جايگزين کردن آنها بجای روش های قديمی
– همکاری با موسسه بيوتکنولوژی و دانشگاهها به منظور اجرای طرح های مشترک که بر پايه تحقيقات ژنتيک مولکولی استوار است.

آزمایشگاه کنترل بذر